ALGORITMA NEEDLEMAN-WUNSCH DALAM MENENTUKAN TINGKAT KEMIRIPAN URUTAN DNA RUSA TIMOR (Cervus timorensis) DAN RUSA MERAH (Cervus elaphus)

HIBBAN, KHOLIQ (2020) ALGORITMA NEEDLEMAN-WUNSCH DALAM MENENTUKAN TINGKAT KEMIRIPAN URUTAN DNA RUSA TIMOR (Cervus timorensis) DAN RUSA MERAH (Cervus elaphus). S1 thesis, Universitas Mataram.

Text SKRIPSI HIBBAN BARU ACC.pdf Restricted to Repository staff only Download (1MB)

Abstract

Penjajaran urutan (Sequence alignment) merupakan metode dasar dalam analisis urutan. Metode ini digunakan untuk mengetahui tingkat kemiripan urutan DNA. Algoritma Needleman-Wunsch merupakan salah satu algoritma yang dapat digunakan untuk menyelasaikan permasalahan penjajaran urutan. Menggunakan konsep program dinamik membuat algoritma ini dapat menyelesaikan masalah rumit dengan sangat sederhana. Pada penelitian ini ditunjukkan bahwa relasi T(i , j) yang digunakan dalam algoritma Needleman-Wunsch merupakan fungsi di mana T: (ℕ0 X ℕ0) → ℤ. Lebih jauh, fungsi T(i , j) merupakan fungsi rekursif di mana dalam definisinya T(i , j) mengacu pada dirinya sendiri. Selanjutnya, data urutan DNA yang digunakan adalah urutan DNA dari Rusa Timor yang merupakan identitas provinsi Nusa Tenggara Barat dan Rusa Merah yang merupakan Rusa khas dari benua Eropa sebagai pembanding. Data urutan DNA tersebut diperoleh dari BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Diperoleh penjajaran yang paling optimal dengan terbentuk 666 urutan pasangan basa dengan 322 match, 230 missmatch, dan 114 gap, artinya kedua urutan DNA tersebut memilik kemiripan sebesar 48% (322/666).

Item Type:	Thesis (S1)
Keywords (Kata Kunci):	Kata Kunci: DNA, Penjajaran Urutan, Algoritma Needleman-Wunsch, Program Dinamik, Fungsi Rekursif, Tingkat Kemiripan.
Subjects:	Q Science > Q Science (General)
Divisions:	Fakultas Matematika dan ilmu Pengetahuan Alam
Depositing User:	Rini Trisnawati
Date Deposited:	13 Jul 2020 01:21
Last Modified:	13 Jul 2020 01:21
URI:	http://eprints.unram.ac.id/id/eprint/16125

Actions (login required)

View Item