POHON FILOGENETIK KEKERABATAN JENIS RUSA (Cervidae) DI INDONESIA DENGAN ALGORITMA STAR ALIGNMENT

DIAH, AYU SAPTYANINGTYAS (2020) POHON FILOGENETIK KEKERABATAN JENIS RUSA (Cervidae) DI INDONESIA DENGAN ALGORITMA STAR ALIGNMENT. S1 thesis, Universitas Mataram.

Text skripsi diah ayu.pdf Restricted to Repository staff only Download (1MB)

Abstract

Di Indonesia tersebar 6 spesies rusa yaitu rusa sambar (Cervus unicolor), rusa timor (Cervus timorensis), rusa bawean (Axix kuhli), muncak/kijang (Muntiacus muntjak), rusa totol (Axis axis) dan kijang kuning (Muntiacus atherodes). Keberadaan rusa di alam semakin langka akibat maraknya perburuan dan rusaknya alam. Untuk mencegah kepunahan rusa perlu dilakukan upaya konservasi plasma nutfah. Hubungan kekerabatan dapat digunakan sebagai landasan untuk melakukan penelitian dalam bidang ekologi sehingga membantu mengelola plasma nutfah. Identifikasi kekerabatan dapat dilakukan dengan membentuk pohon filogenetik. Pada penelitian ini akan digunakan algoritma star alignment untuk memperoleh hasil penjajaran dari sequence DNA Rusa yang terdapat di Indonesia. Kemudian akan dikontruksi menjadi sebuah pohon filogenetik dengan metode UPGMA. Algoritma Star Alignment terdiri dari tiga tahap yaitu pertama melakukan pairwase alignment menggunakan algoritma Needleman Wunsch, kedua memilih star sequence dengan total nilai terbesar dan ketiga melakukan penjajaran ulang (realignment). Dari hasil penjajaran menggunakan algoritma Star Aligment didapatkan sequence DNA Kijang kuning (Muntiacus atherodes) sebagai sequence star. Berdasarkan pohon filogenetik yang telah dikontruksi, hubungan kekerabatan jenis Rusa di Indonesia didapatkan Rusa Sambar (Cervus unicolor) dan Kijang (Muntiacus muntjak) berkerabat dekat, sedangkan Rusa Bawean (Axis kuhlii) dengan Rusa Totol (Axis axis) berkerabat jauh.

Item Type:	Thesis (S1)
Keywords (Kata Kunci):	Kata kunci : rusa, penjajaran, star alignment, pohon filogenetik,UPGMA
Subjects:	Q Science > Q Science (General)
Divisions:	Fakultas Matematika dan ilmu Pengetahuan Alam
Depositing User:	Rini Trisnawati
Date Deposited:	18 Feb 2021 04:10
Last Modified:	18 Feb 2021 04:10
URI:	http://eprints.unram.ac.id/id/eprint/21077

Actions (login required)

View Item